پس از شرکت در عملیات کربلای 2 و کربلای 4، نوبت به حضور در بزرگترین نبرد خاورمیانه رسید، عملیاتی که طی آن ماشین عظیم جنگی عراق تا مرز انهدام کامل پیش رفت و سپاهیان اسلام قدرت شگفت آوری از خود به نمایش گذاشتند. در این عملیات حسین با حفظ سمت، فرماندهی محور عملیاتی را در جزیره بوارین عهده دار شد. با شروع محور دوم عملیات در شب ششم نبرد، ماموریت قرارگاه نجف که لشگر قدس را نیز تحت امر خود داشت، آغاز گردید.

شهید املاکی نیروهای تحت امر خود را از خاکریزی که در امتداد چهار راه امام رضا علیه السلام (شهدا) زده شده بود به سمت نهر خین حرکت داد و شبانه از میان خاکریزهای پر پیچ و انبوه موانع مصنوعی عراق گذراند و پس از عبور از نهر خین وارد جزیره بوارین گردید. این جزیره استراتژیک از اهمیت بسیار بالایی برای عراق برخوردار بود، به همین جهت مقاومت سرسختانه دشمن، پاکسازی کامل این جزیره را دو روز به تاخیر انداخت، اما سرانجام لشگر قدس با هدایت حسین و مقاومت و پیکار چشمگیر و خارق العاده ای که از خود نشان داد، جزیره بوارین را کاملا تحت اختیار خود در آورد و تحسین همگان را برانگیخت.

نکته شنیدنی آن است که حسین بدون تامل لشگر را به سمت شهر نظامی شده دوئیجی حرکت داد و در برابر حیرت همگان خط دوئیجی را شکسته و وارد این شهر گردید، درحالی که یگان های عمل کنند دیگر به دلیل درگیری شدید با نیروهای بعثی زمین گیر شده و موفق نشده بودند، خود را به دوئیجی برسانند.

در چنین وضعیتی فرمانده کل سپاه برادر محسن رضایی خود بی سیم را در دست گرفت و با حسین املاکی به گفتگو پرداخت.

حسین جان، گازشو گرفتی همین طور میری جلو؟ کی به شما گفته بود سرتان را بیندازید پایین و همین طور بروید تو دوئیجی…

سفره خیلی رنگین بود دلم نیامد ناخنک نزنم…

بچه های دیگه هنوز زمین گیر هستند، الانه که تو محاصره بیفتید، مورد منتفی است، با حد اکثر سرعت آنجا را تخلیه کنید.

امر، امر شماست…

یا علی… تا کربلا هنوز خیلی راه داریم اخوی، الله اکبر

جانم فدای رهبر…

در همین عملیات حسین از ناحیه فک زخمی عمیق برداشت و مدتی در بیمارستان بستری گردید. پس از مدت کوتاهی مجدداً به سوی جبهه های نبرد شتافت.